Johann Hiller naît à Modena, au début de 1748 (il existe des incertitudes sur la date de cette naissance). Son père Antonjn est alors enseigne. 

A l'âge de 15 ans, il entre comme Cadet, dans le régiment d'infanterie n° 8  Sachsen-Hildburghausen. En 1774, il achète - il semble que cela ne se soit pas passé d'une façon vraiment "correcte" - une commission de capitaine dans le régiment frontalier Warasdin, avec lequel il participe à la guerre contre les Turcs; il est nommé dans ce même régiment Major puis lieutenant-colonel, A Novi, en 1788, sa bravoure lui vaut l'Ordre de Marie-Thérèse, que lui remet le maréchal Loudon (le père) en personne, dont il a gagné les faveurs. Il est, en 1789, au siège de Gradiska, où il gagne ses galons de colonel. En 1790, Loudon le choisi comme général-adjudant.

A la mort de Loudon,  Hiller retourne à son régiment, est nommé général-major en 1794, et l'année suivante commissaire général  à l'armée d'Italie. Il commande en 1796 une brigade à l'armée du Rhin, mais il doit alors quitter le service, pour des raisons de santé. Il retrouve l'armée en 1798, qui se trouve alors sur le Lech. A la bataille de Zurich, en 1799, il est blessé au genou, ce qui lui vaudra de boiter le restant de sa vie. Lorsque les Russes retraient, il est envoyé auprès de Souvarov, pour le faire changer d'avis, mais sans succès. 

En septembre de la même année il est nommé feldmarschall-lieutenant , commandant le corps d'armée dans le nord du Tyrol.

En 1801, la paix venue, il est envoyé à Agram (Zagreb), puis nommé commandant militaire d'Innsbruck. 

En 1805, Hiller est nommé commandant général au Tyrol et au Vorarlberg. Lorsque la guerre éclate, son rôle est de défendre l'entrée au Tyrol, et, par des démonstrations sur la rive droite de l'Etsch, aider l'armée de l'archiduc Jean en Italie. Après la catastrophe d'Ulm, il réussi à rejoindre l'armée principale de l'archiduc Charles. Ce dernier lui confie alors son avant-garde. Après la paix de Presbourg, il reçoit le commandement de Salzbourg et de la Haute-Autriche, puis, en 1807, il reçoit le commandement général de la zone frontalière Karlstadt-Warasdin. 

Lorsque les hostilités avec la France recommencent en avril 1809, Hiller se voit confier le commandement du VIe corps d'armée, commandement étendu ensuite au Ve corps d'armée et au IIe corps de réserve.  Il commande alors sur toutes les troupes autrichiennes en Autriche en delà de l'Enns (64 bataillons, 64 escadrons). Le 20 avril, il est battu par Napoléon, à Landshut et forcé à la retraite. Peu après, il bat Bessières à Neumarkt (il est pour cette action décoré de la Croix de Commandeur de l'Ordre de Marie-Thérèse). Le 22 avril 1809, c'est la bataille d'Eckmühl. Hiller doit retraiter sur Linz. Le 3 mai, il résiste farouchement à Ebelsberg, puis continuant sur la rive gauche du Danube retrouve l'archiduc Charles  près de Vienne.

Durant la bataille d'Aspern-Essling (21-22 mai 1809), Hiller commande l'extrême droite autrichienne. Il est alors nommé Feldzeugmeister, avec une dotation de 50.000 Gulden.

Malade, il ne participe pas à la bataille de Wagram (5-6 juillet 1809),

Après la paix de Schönbrunn (14 octobre 1809), Hiller est nommé commandant général en Croatie, puis, en 1811, en Slovénie. 

Lorsque la campagne de 1813 commence, Hiller reçoit le commandement de l'Autriche de l'Inn (Inner-Österreich), qui deviendra l'armée d'Italie, qui, face 'a l'armée du prince Eugène, ne comporte que 32.000 hommes et 120 pièces d'artillerie. Il doit d'emparer de l'Illyrie et rester sur la défensive. Partant de Klagendurt, il repousse le prince Eugène sur Vérone, par Tarvis et Vicenza, mais il ne réussi à s'emparer ni de Triente, ni de Vérone  A la mi-novembre, Hiller de nouveau malade, c'est Bellegarde qui prend le commandement. 

En 1814, il reçoit le commandement général en Transylvanie, puis peu après, en Galicie.

Johann Hiller meurt peu après, le 5 juin 1819, à Lemberg, âgé de 63 ans.