Lannes fut transporté, après son amputation dans la Lobau, à Kaiser-Ebersdof, au 12 de la Mailergasse.

Là cinq médecins (Lanfranc, Yvan, Paulet, Larrey et, un peu plus tard, Frank) s’occuperont de lui, sans pouvoir empêcher l’aggravation de son état. C’est là que Napoléon lui rend visite, par deux fois. Le 27 mai, la fièvre apparaît. Il meurt le 31 mai, à cinq heures du matin. Il avait 40 ans. A la demande de Napoléon, son corps est embaumé.

Larrey: "Je fus chargé d'embaumer son corps qui fut transporté pendant la nuit au château de Schönbrunn. Nous commençâmes les opérations de l'embaumement à la pointe du jour, dix-huit heures après la mort; et déjà la putréfaction était portée au plus haut degré. J'eus la plus grande peine à injecter les vaisseaux et à vider les cavités; je fus obliger d'enlever tout le tissus cellulaire de l'habitude du corps et de l'interstice des muscles: le cœur ne contenait presque point de sang, et le cerveau était éloigné de la dure-mère d'environ douze millimètres. Les vaisseaux de communication de la pie-mère au cerveau étaient rompus; une petite quantité de sang noirâtre était épanchée dans les circonvolutions, et les ventricules étaient pleins de sérosité roussâtre."

Il est inhumé au Panthéon, sauf son coeur qui se trouve au cimetière de Montmartre, dans le caveau familial de la famille Guéhéneuc

J-Cl. Damamme, dans sa biographie de Lannes écrit: "Napoléon restera une demi-heure au chevet de son ami, d'abord en compagnie de Larrey, d'Yvan, de Paulet, de Lannefranque, puis seul, à la demande de Lannes. Certains (notamment Constant) ont affirmé qu'au cours de cet ultime entretien, le maréchal aurait lancé au visage de l'Empereur de violents reproches sur son ambition. Une ambition qui le faisait mourir, lui, Lannes, et conduisait la France à sa perte. Suprême lucidité ou paroles décousues d'un agonisant ? Accusations forgées de toutes pièces au cours de la première Restauration par quelques personnes désireuses de s'allier les bonnes grâces du nouveau régime? Nous nous en tiendrons au témoignage d'un homme peu suspect d'arrières pensées politiques, l'attachant et sympathique docteur Lannefranque. Celui-ci se trouvait dans l'antichambre en compagnie des aides de camp du maréchal et de ceux de l'Empereur, lorsque ce dernier sortit de la chambre où gisait Lannes "Le maréchal a voulu me parler et n'a rien pu me dire de suivi". Ce qui laisse le champ libre à toutes les suppositions." Dans le même ouvrage, un peu plus loin, Damamme rapporte les propos que l'Empereur aurait tenus à Metternich: "Lannes, après avoir été blessé a crié après moi; il m'a fait recommander sa femme et ses enfants; cet homme était mon plus grand ennemi; je me suis dit sur le champ: Lannes est donc un homme mort, car il crie après moi comme un impie après le Bon Dieu sans qu'il y ait cru pendant sa vie". Cette rencontre entre Napoléon et Lannes a eu d'autres témoins: Pelet, Marbot, Lejeune et Montesquiou-Fezensac. Ils s'accordent tous à dire que Napoléon était très affecté et montra son amitié avec Lannes avec force, et que le maréchal, en dépit de l'état de choc dans lequel il se trouvait, essaya d'assurer l'Empereur qu'il reprendrait bientôt du service. Les témoins s'accordent également pour dire que les propos rapportés par de Gassicourt (sur la vanité de l'Empereur, et l'inutilité des pertes humaines qu'elle provoquait) sont pure fantaisie. C'est le cas en particulier de Pelet, pour qui les Mémoires de de Gassicourt sont un tissus d'erreurs. Pelet souligne que cette rencontre eut lieu à Kaiser-Ebersdorf (et non dans la Lobau), et que de Gassicourt n'était même pas dans le voisinage. De Gassicourt dit lui même qu'il tenait ces propos d'une "source sûre".

Il est vrai que beaucoup d'historiens se sont plus à rapporter les propos de de Gassicourt....sans oublier Sacha Guitry, dans son Napoléon: Lannes (Jean Gabin !) lançant à Napoléon un sonore: assez!

Ma peine est égale à la vôtre. Je perds le général le plus distingué de mes armées. Mon compagnon d’armes depuis seize ans, celui que je considérais comme mon meilleur ami. Sa famille et ses enfants auront toujours des droits particuliers à ma protection. C’est pour vous en donner l’assurance que j’ai voulu vous écrire cette lettre, car je sens que rien ne peut alléger la juste douleur que vous éprouverez.

A JOSÉPHINE - 31 mai 1809

La perte du duc de Montebello, qui est mort ce matin, m’a fort affligé. Ainsi tout finit !

Adieu, mon amie. Si tu peux contribuer à consoler la pauvre maréchale, fais-le. Tout à toi.